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通常造成非淋菌性尿道炎常见的病原体是衣原体。此外，支原体、、阴道毛滴虫等引起的尿道炎也是常见的。非淋菌性尿道炎主要发生在性活跃期的男女青年。在性病门诊，以青年男性患者居多，非淋菌性尿道炎可引起附睾炎，前列腺炎等合并症。女性除了出现尿道炎的外，更多见的是宫颈炎。如不及时，炎症严重时可导致男性不育，女性不孕等后果。
许多如四环素、、多西环素（强力霉素）等均可有效地杀死衣原体或支原体。近年来新合成的阿奇霉素具有力强、用法简单（口服）的优点，是目前主要选用物。有的患者持续存在或反复发作，服药后减轻或消失，但停药不久尿道炎复又出现，大的可能是患者的性伴侣没有，而她（他）很可能是无的带菌者。因此，夫妻双方有一方患病，应该同时接受。有的淋病患者后虽然尿道炎明显减轻，但仍经常感到小腹部及会阴部不适、酸胀、隐痛、尿道口时有稀薄的分泌物，应检查有否同时了衣原体。若没有条件作病原体的检测，则可按非淋菌性尿道炎。有的时候患者虽然经过，但仍经常感到尿道、会阴、小腹等部位不适，这时可以考虑：
（1）病原菌虽然杀灭，但原先炎症造成的黏膜损伤仍需一段时间才能完全修复；
（2）正常菌群失调：主要是反复大量或长期使用广谱的患者。当性病病原体检查阴性，而尿道、宫颈分泌物、前列腺液中仍可查到白细胞，并在尿道或阴道中培养出条件致病菌，则应考虑正常菌群失调；（3）性病恐惧症：当病原体检查阴性，尿道、宫颈分泌物、前列腺液中也没有白细胞，但患者仍有许多不适，而且许多与性病无关，如、、心悸、气短、手哆嗦、出汗、脸上一阵阵发热等，在排除其他疾病的情况下，要考虑性病恐惧症。
对性病恐惧症的患者，主要应给予心理、暗示，必要时给予三环类抗抑郁如多塞平、阿米替林或安定等精神。解决问题不能一句话“你没事”了之，要因势利导，多与患者交谈，开导患者，纠正种种对于性病不正确想法，解除思想负担，逐渐对性病的恐惧心理。
